НДФЛ платят только ИП на общей системе налогообложения (ОСНО). ИП на УСН, ПСН и НПД платят другие налоги — НДФЛ с предпринимательского дохода для них не предусмотрен.
ОСНО применяется по умолчанию, если ИП не подал заявление о переходе на спецрежим. Также на ОСНО оказываются ИП, утратившие право на УСН (превышен лимит дохода или численности сотрудников).